Analyse génomique globale de Salmonella Concord révèle des lignées présentant une résistance antimicrobienne élevée en Éthiopie

septembre 19, 2023

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Bactériologie

Wim Cuypers a publié un article intéressant dans Nature Communications !

Salmonella enterica serovar Concord (S. Concord), résistante aux antimicrobiens, est connue pour causer de graves infections gastro-intestinales et sanguines chez des patients originaires d’Éthiopie et des personnes adoptées de l’Éthiopie, et il existe des cas occasionnels de S. Concord liés à d’autres pays. L’évolution et la répartition géographique de S. Concord n’ont pas été élucidées. Nous donnons ici un aperçu génomique de la structure de la population et de la résistance aux antimicrobiens (RAM) de S. Concord en analysant les génomes de 284 isolats historiques et contemporains obtenus entre 1944 et 2022 dans le monde entier. Nous démontrons que S. Concord est un sérovar polyphylétique réparti entre trois super-lignées de Salmonella. La super-lignée A est composée de huit lignées de S. Concord, dont quatre sont associées à plusieurs pays et à de faibles niveaux de RAM. D’autres lignées sont limitées à l’Éthiopie et ont acquis horizontalement une résistance à la plupart des antimicrobiens utilisés pour traiter les infections invasives à Salmonella dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. En reconstruisant les génomes complets de 10 souches représentatives, nous démontrons la présence de marqueurs de la RAM intégrés dans les plasmides IncHI2 et IncA/C2, structurellement diversifiés, et/ou dans le chromosome. La surveillance moléculaire d’agents pathogènes tels que S. Concord contribue à la compréhension de la RAM et à la réponse multisectorielle à la menace mondiale de la RAM. Cette étude fournit un ensemble complet de données de base essentielles pour la surveillance moléculaire future.

Pour lire touthttps://www.nature.com/articles/s41467-023-38902-x