Les Salmonella non-typhoide invasives provenant d’échantillons de selles de porteurs humains sains sont génétiquement similaires aux isolats d’hémoculture : un rapport de la République Démocratique du Congo

janvier 26, 2024

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Bactériologie

Dans le cadre de sa recherche doctorale, Lisette Mbuyi-Kalonji a publié un article sur la présence de Salmonella non typhoïdiques dans les échantillons de selles et le lien avec les isolats d’hémoculture en République Démocratique du Congo. Elle est microbiologiste à l’Institut National de Recherche Biomédicale et aux Cliniques Universitaires de Kinshasa et chercheuse doctorante à l’Institut de Médecine Tropicale et au KU Leuven.

Voici le résumé de son article publié dans le journal Frontiers in Microbiology :

Les Salmonella non typhoïdiques invasives (iNTS) (sérotypes Typhimurium et Enteritidis) sont des causes majeures d’infections sanguines en Afrique subsaharienne, mais leur réservoir est inconnu. Afin de démontrer que les porteurs humains constituent un réservoir, nous avons évalué le portage intestinal des iNTS dans une communauté rurale endémique (aire de santé de Kikonka, République démocratique du Congo). Après un recensement, des sujets sains issus de ménages sélectionnés au hasard ont fourni trois échantillons de selles successifs pour la culture de Salmonella. Nous avons ensuite comparé la parenté génétique des isolats de selles avec des isolats d’hémoculture provenant de patients hospitalisés, appariés dans le temps et dans l’aire de santé, par une analyse de répétition en tandem de locus multiples et variables (MLVA), et nous avons procédé au séquençage du génome entier (WGS) sur un sous-ensemble d’isolats de selles et d’isolats sanguins. Parmi les 2 354 sujets éligibles, 2 234 (94,9 %) ont donné leur consentement et fourni au moins un échantillon de selles, et 2 219 (94,3 %) ont fourni trois échantillons de selles. La proportion cumulée de porteurs de Salmonella après 3 jours était de 4,4 % (n = 98). S. Typhimurium et Enteritidis ont été trouvés chez 26 et 3 porteurs, respectivement, représentant 1,3 % (29 sur 2 234) des participants vivant dans 6,0 % (26 sur 482) des ménages. Les types MLVA des 26 isolats de selles de S. Typhimurium correspondaient aux types MLVA correspondants des isolats sanguins. Le type de MLVA d’un isolat de selles Enteritidis sur trois correspondait au seul type de MLVA des cinq isolats sanguins Enteritidis. L’analyse WGS des isolats de S. Typhimurium (n = 20) et de S. Enteritidis (n = 4) a révélé le type de séquence multilocus (ST)313 Lineage 2 de Typhimurium et les clades Central/Eastern African et Outlier d’Enteritidis ST11 et a confirmé le regroupement MLVA. Plus des trois quarts des isolats de Typhimurium présentaient une multirésistance combinée, une résistance à la ceftriaxone et une insensibilité aux fluoroquinolones. En conclusion, la présente étude a démontré que des membres sains d’une communauté étaient porteurs d’iNTS, avec des isolats de selles génétiquement similaires à des isolats d’hémoculture obtenus chez des patients de la même communauté. Ces résultats contribuent à prouver l’existence d’un réservoir humain d’iNTS.

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